Do meu entendimento lógico, mas não prático, não, não deveria acontecer. O Boot Camp cria um arquivo de partição híbrido, o Windows vê um MBR como ele quer e o Mac vê algo que pode ser movido se quiser. Talvez seja necessário reprogramar seu disco rígido (ou a partição mac) para torná-lo inicializável.
Você fez algo fora do padrão na instalação, como não usar o boot camp?