Eu concordaria com o comentário acima que é provavelmente uma questão de driver. Depois de instalar os drivers do Boot Camp fornecidos no disco da Apple, vale a pena atualizá-los especificamente do fabricante. No meu caso, com um MacBook de alumínio (final de 2008), eu encontrei os drivers para o chip gráfico Nvidia 9400M, direto da Nvidia
Como um aparte, acho frustrante descobrir o que causa essas pausas intermitentes, já que pode ser qualquer coisa.