Consegui descobrir qual era o problema.
Os alertas criados no Google Agenda são sincronizados diretamente para o iCal e o iPhone. Descobri que o problema é criar um evento no iCal e definir o alerta como 'Mensagem com som'. Se a opção "Mensagem" estiver selecionada, ele alerta o sincronismo corretamente no google calendar, iPhone e iCal.