Sim, esse é realmente o maior problema com o Evernote. Há muita formatação da qual você nunca pode se livrar.
Mas acabei de encontrar este utilitário do Windows e parece funcionar bem ao filtrar o conteúdo da área de transferência para ser apenas texto.
Se você usar o web clipper do Evernote no seu navegador para criar a anotação, ainda terá que Selecionar tudo na nota, depois Copiar, mas poderá Win-V para colar de volta na anotação somente como texto.