Você precisa escolher a ferramenta certa para o trabalho. Use o Excel para ajudá-lo com seu arquivo de texto. Dentro do Excel:
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Use o Assistente de importação de texto (menu Dados > Do texto ) para importar valores para as células.
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Selecione as células importadas (como seleção retangular) e use Copiar .
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Use Colar especial com a opção Transpor para virar linhas e colunas (foi isso que você solicitou).
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Cole o resultado no arquivo de texto.