Acabei de me deparar com este problema, exceto que não queria recuperar a senha, apenas queria removê-la da loja do Cyberduck. Tanto quanto eu encontrei não há maneira de recuperar a senha como é criptografada no arquivo que eu vou estar falando com DPAPI. De qualquer forma, consegui excluir a senha armazenada:
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Feche o Cyberduck.
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Encontre o arquivo
user.config
por:opening a File Explorer window and past[ing] %APPDATA%/iterate_GmbH in the Quick access location field then opening the "Cyberduck..." folder and opening user.config in a text editor.
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Encontre a tag que se refere ao seu nome de usuário do servidor para o qual você deseja excluir a senha. Excluir a tag inteira.
Quando você abrir o Cyberduck novamente, a senha não deverá aparecer quando você digitar seu nome de usuário nesse servidor. Espero que isso ajude alguém.