Eu só vi isso acontecer quando a versão esperada não estava genuinamente no sistema. O que significa "enviar um arquivo MPP de uma versão mais recente"?
Coisas para experimentar:
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Instale o service pack de seu local de download oficial .
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Entre na configuração do Project Professional e use a opção Detectar e reparar .
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Desinstale e reinstale o Project Professional.
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Entre em contato com o suporte da Microsoft.