Os mestres de fantoches podem ser reiniciados à vontade (isto é, se você não tiver agentes tentando executar o fantoche). Nada de ruim acontecerá com qualquer certificado ou configuração ou qualquer outra coisa.
Você terá um problema se excluir a máquina com o mestre de marionetes e não tiver nenhum backup. Neste caso, depois de criar seu novo mestre de bonecos, você terá que regenerar os certificados para todas as máquinas. (isto é simplificado, presumo aqui que você só tem um mestre de marionetes que também é um servidor de fantoche)