Você está clicando com o botão direito do mouse no Prompt de Comando e optando por executá-lo como Administrador? Se não, aposto que você está perdendo alguns arquivos de sombra.
certain types of files don’t appear in Windows Explorer. Files in Windows’ aptly named “shadow storage,” also known as “shadow copies,” don’t appear here. The shadow storage contains System Restore points and previous versions of files for the Previous Versions feature in Windows Explorer. Source