Se você está apenas baixando material fora de sites, então Getright e FlasghGet ambos têm opções para desligar o computador quando o download é concluído.
Se você está baixando usando torrents, então o uTorrent tem a opção de desligar ou reiniciar após a conclusão.
Flashget e uTorrent são ambos freeware. Getright costumava ser shareware, mas agora pode ser um modelo demo + pago