Não sei se você entende o que está falando e por quê.
A criptografia não está lá para 'segurança', como eu estou assumindo por 'seguro' você está falando sobre 'seguro de avisos'. O problema é que não é o seu ISP que lhe manda esses avisos, empresas privadas, contratadas pelos detentores dos direitos, e enviam ao ISP, que então encaminham para você, ou vão ao tribunal para obter sua identidade. De qualquer forma, seu ISP é NÃO está vendo o que você faz .
Agora que estabelecemos o que NÃO é, deixe-me explicar para que serve a criptografia. Muitos anos atrás, os ISPs começaram a trafegar tráfego bittorrent de forma. Primeiro eles usaram portas (6881-6889 para começar) para identificar, depois os cabeçalhos de tráfego. Então, como resultado, a criptografia de protocolo veio, para atualizar esse método. É explicado em detalhes no BEP 008
Então, para responder à sua pergunta "Quão seguro é criptografar o tráfego de torrent com o RC4?" temos que dizer "muito seguro". O problema é que você está confundindo o que é para algo completamente diferente, algo que não existe (e não funcionaria de qualquer maneira )
Desculpe.