Você pode verificar a sintaxe da tela GNU para esta linha:
3 0 * * * /home/root/spaceengineers/start.sh /usr/bin/screen -x spaceengineers
Eu teria esperado algo como:
3 0 * * * /usr/bin/screen -S spaceengineers -X stuff 'command with newline'
No entanto, usar o -X significa que screen espera comandos de tela e não que um script seja executado.
Portanto, você precisa usar o comando screen stuff de acordo com esta pergunta sobre SU
screen -S sessionname -X stuff 'command''echo -ne '5''
Atualizar
Experimente /bin/bash ou onde quer que o Shell que você usa esteja localizado.
3 0 * * * /bin/bash /home/root/spaceengineers/start.sh
Talvez adicione conteúdo de start.sh para ajudar a depurar.
Você pode encontrar o shell com o comando which . Pode ter que sudo ou ser root para descobrir.