O conselho da Microsoft é basicamente executado como Administrador: sfc /scannow
.
Provavelmente, é motivado pela ideia de que uma de suas instalações está destruindo arquivos do sistema. Então, meu conselho é instalar apenas software que você precisa e com certeza.
E em relação ao .NET Framework, sugiro instalar apenas a versão 3.5 SP1. Isso instala todas as versões desde o 2.0, e é improvável que você precise de 1.1.