Em teoria, não há motivo para você não conseguir organizar um diagrama UML em 3D. Na realidade, você quase certamente perderia mais do que ganhava fazendo isso. Um ambiente 3D funciona bem quando você representa objetos físicos e as pessoas podem se relacionar bem com as dimensões. No caso da UML, no entanto, as colocações de itens são quase arbitrárias para começar, portanto, estender para uma terceira dimensão realmente não ganha nada.