Se você estiver por trás de um proxy, será útil remover a configuração do proxy de meias.
Para fazer isso no Ubuntu 16.04 (e se bem me lembro é exatamente o mesmo no Ubuntu 14.04), basta ir ao "Configurações do Sistema" - > "Rede" - > "Proxy", e delete (deixado em branco) a linha do servidor socks e a porta esquerda em 0.
Você não precisa aplicar esse sistema inteiro, apenas no usuário que deseja autenticar no Whatsapp Web.
Quando tiver concluído a autenticação da Web do Whatsapp, você poderá restaurar as configurações de proxy de meias anteriores.