Se os dados estiverem armazenados em uma partição diferente da instalação do Windows, os dados não serão perdidos. Mas suponho que, se estivessem na mesma partição, também apagariam os dados.
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O ReFS parece legal. Tanto quanto eu sei, é algum tipo de software RAID. Se assim for, as informações são gerenciadas pelo sistema operacional. O que acontece de alguma forma o Windows está corrompido e eu reinstalar o Windows? Todas as informações sobre os discos em que as partições ReFS são perdidas?
Se os dados estiverem armazenados em uma partição diferente da instalação do Windows, os dados não serão perdidos. Mas suponho que, se estivessem na mesma partição, também apagariam os dados.
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