@ O comentário da CodesinChaos está correto:
TrueCrypt only supports in place encryption for the system partition/disk (don't ask me why).
Portanto, se você tiver o Windows instalado em um sistema e desejar criptografar sua unidade C :, que incluiria seu sistema operacional, programas instalados e dados salvos em C: \ Users, você poderá fazer isso sem perda de dados ou programas.
Se você tiver uma unidade externa, uma segunda unidade de disco rígido interna ou uma partição separada na mesma unidade física em que sua unidade C: está ativa e desejar criptografá-la, primeiro copie os dados, configure-os com Truecrypt, em seguida, copie os dados de volta depois que ele é montado com Truecrypt.
Truecrypt não faz criptografia de partição do sistema no Linux, então você está na mesma situação do segundo parágrafo acima.
O Linux teve sua própria criptografia completa de disco por um tempo (dm-crypt / LUKS), então o fato de você não poder fazer a criptografia de disco completo ou de sistema do Truecrypt no Linux não é um grande negócio . O Debian e o Ubuntu podem configurar a criptografia de todos os discos durante os instaladores. Eu não sei de nenhuma ferramenta "encrypt-in-place" para Linux (pode haver algumas por aí).