Existem várias dezenas de configurações de registro para o Chrome, onde você pode desativar muitas coisas, uma delas é o * Password Manager (.
Se você bloquear essas configurações removendo o acesso de gravação às respectivas chaves para não administradores, os usuários não poderão alterá-las novamente.
Localize ou crie HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Policies\Google\Chrome\PasswordManagerEnabled
e defina-o como (DWORD) 00000000
para desativar.
Há também "ImportSavedPasswords" (mesmo caminho) e alguns outros.