Dado que o ReactOS suporta ext2, não vejo por que o Windows não pode ser executado em outros sistemas de arquivos se os drivers forem adicionados, mas o Windows requer que o sistema de arquivos tenha certos recursos para que nem todos os sistemas sejam compatíveis. Ao contrário dos sistemas Linux, o Windows não depende do sistema de arquivos para as permissões, portanto, é mais provável que ele trabalhe em sistemas de arquivos não suportados do que alguns sistemas operacionais.
Já existem drivers de terceiros para o ext2 para Windows, portanto você pode tentar sem ter que escrever seu próprio driver. No entanto, o processo de instalação do Windows não estaria ciente desses drivers e, portanto, recusaria a instalação.
Sua melhor esperança seria instalar o Windows normalmente, instalar os drivers de terceiros (ou seu próprio driver), criar um arquivo .zip da instalação a partir de um live-cd, inicializar em um live-cd do Gparted, aplicar um novo sistema de arquivos para a partição do sistema operacional (por exemplo: ext2) e, em seguida, use um live-cd para restaurar o conteúdo do .zip para a partição.