Se você assumir que o arquivo será visualizado em uma determinada resolução - por exemplo, o full HD é uma suposição razoável atualmente -, pode haver uma vantagem em fornecer o vídeo na resolução nativa do reprodutor assumido / visualizador.
Este será o caso se o algoritmo de upscaling do seu conversor for melhor que o do visualizador / player em potencial (e, claro, também se melhorias adicionais forem aplicadas, como desentrelaçamento, etc.).
Isso dependerá do software que você usa e do (s) jogador (es) assumido (s), que se tornam cada vez melhores devido ao hardware mais rápido. O hardware de vídeo, em particular, está progredindo rapidamente, de modo que a vantagem potencial do pré-upscaling está diminuindo.
Não tenho conhecimento da qualidade do aprimoramento do Movie Maker. Mulvya disse em um comentário que realiza uma interpolação bicúbica que não parece muito grande. Quick googling me enviou para este site. Talvez valha a pena explorar outros programas.