MP4 e FLV são apenas formatos contêiner . O tamanho do contêiner depende do conteúdo dentro dele, que pode usar um formato de compactação arbitrário (dependendo do formato de compactação suportado pelos contêineres MP4 e FLV).
Você precisa comparar o formato de compactação do arquivo, não do contêiner.
Mesmo se você comparar as taxas de compactação relativas de diferentes codificadores de vídeo, isso também depende da taxa de bits, profundidade de cores, taxa de quadros, resolução e muito mais. Em geral , no entanto, o uso do H.264 geralmente resulta em qualidade relativamente boa com arquivos baixos - e é suportado em ambos arquivos .MP4 e .FLV.