Se você já tem o usuário root ativado e está tentando fazer login na tela de login do gdm, tente verificar o arquivo /etc/gdm/custom.conf para a propriedade AllowRoot. Precisa ser definido como verdadeiro.
[security]
AllowRoot=true
Você pode ter que adicionar essas linhas ao arquivo. Reinicie o gdm e você poderá fazer o login como usuário root.
Além disso, existe uma propriedade AllowRemoteRoot se você está tentando fazer o login como root na máquina de outra máquina.