O método mais seguro seria fazer o backup de todos os dados, excluir a partição NTFS, criar a partição FAT32 e restaurar os dados.
Não sei se existem ferramentas de migração disponíveis, mas isso é praticamente irrelevante na minha opinião. Mesmo se houvesse, esse tipo de operação é arriscado e não deve ser executado sem um bom backup. E se você já tiver o backup, basta usar o método acima.