Como posso ler nos fóruns do Microsoft OneNote, não é possível usar o marcador para fazer uma linha reta, mas você pode usar a pen tool ao ligar o Bloquear modo de desenho na seção Inserir formas da guia Desenhar no OneNote 2010.
Depois você pode desenhar uma linha reta segurando a tecla Shift e arrastando com o mouse.
ps. Desmarque Ajustar à grade (como mostrado na figura) para que sua linha nunca se encaixe em alguma grade imaginária e vá acima ou abaixo do local desejado.