Você vai achar isso uma tarefa difícil de realizar, e ainda mais se for em uma base contínua. O problema é que você terá que converter para o mínimo denominador comum. Se a versão mais antiga do Powerpoint instalada, por exemplo, for o Powerpoint 2000, todos os arquivos devem ser convertidos de volta para a versão 2000. Embora isso seja possível, isso significará que qualquer um dos recursos mais recentes será descartado do arquivo se estiver sendo usado na apresentação. E isso provavelmente causará formatação e outros problemas no arquivo.
Se a versão mais antiga for 2003, é um pouco mais fácil. Existem dois utilitários de software, como os oferecidos pelo batchworks e serviços online como o Zamzar que oferece possibilidades de conversão, mas nenhum dos softwares ou serviços que eu encontrei oferece boa compatibilidade com qualquer versão anterior a 2003.
Sua melhor solução é convencer seu cliente de que ele precisa fechar a lacuna entre as versões em uso, mas eu sei que muitas vezes é mais difícil do que tentar explicar todas as horas de produtividade que ele está perdendo por não fazer isso.