Como o ventilador de estoque é projetado para rodar junto com a CPU, ele deve ficar completamente perfeito se você não fizer algum overclocking vicioso. Não?
Para estar completamente seguro, você pode instalar algum software para ler o sensor térmico da sua CPU. Qual deles depende do seu sistema. Para o Windows, eu pessoalmente gosto do Everest Home Edition, que hoje em dia aparentemente é chamado de AIDA64. Para o Linux existe o lm_sensors, mas o kernel normalmente também coloca esta informação em /sys/class/thermal/...(something)
Observe também que, embora a temperatura muito quente apresente uma CPU mais rápida, existe um mecanismo de desligamento de segurança embutido que impede a morte instantânea na maioria dos casos.