Se a luz do HDD estiver ficando louca, alguns processos, como indexação, superfetch etc., poderão competir por recursos de disco com outros aplicativos simultaneamente. Isso causaria temperaturas para bater 109
A fragmentação de arquivos também pode ser uma causa de desempenho lento, especialmente tempos de inicialização. Pode querer desfragmentar os arquivos na unidade, incluindo arquivos do sistema, como o MFT (se fragmentado). Existem defraggers automáticos comerciais muito competentes que fazem essas coisas automaticamente, e esses utilitários também têm versões de avaliação gratuitas, então você pode pegar um desses por enquanto.
Mais uma possibilidade é que a unidade esteja revertendo para o modo PIO em vez de UDMA, o que explicaria o desempenho muito lento da unidade. No entanto, isso não explica o fato de que parece funcionar bem algum tempo. Se estiver no modo PIO (verifique em canais IDE no Gerenciador de dispositivos), ele exibirá um desempenho ruim consistentemente até que você o alterne novamente para o UDMA manualmente.
O BTW 42 C (109 F) está bem dentro dos limites operacionais. As temperaturas seguras máximas do IIRC estão em torno de 60 C para a maioria dos HDDs.