O LSI MegaRaid irá provavelmente dar-lhe um melhor desempenho, mas isso é mais perceptível quando você faz algo como o RAID-5, onde os cálculos de paridade estão envolvidos. O outro benefício do RAID por hardware é que, se for suportado por bateria, você estará em forma sólida no caso de uma falha de energia (dados liberados para o controlador serão preservados pela bateria). A desvantagem como você mencionou é que ao lidar com controladores RAID de hardware se o controlador for explodido, você pode ter dificuldade em recuperar os dados (como exatamente uma combinação que você precisa em termos de hardware depende do controlador / firmware / etc.).
O software RAID-1 é muito bom hoje em dia, e se você estiver usando a máquina apenas para um desempenho de despejo de arquivo, provavelmente será mais que suficiente. Dependendo de como o software RAID funciona, você pode simplesmente jogar os discos em outra máquina e usá-los (alguns softwares como o gmirror do FreeBSD armazenam as informações RAID no final da unidade, então até esse ponto é apenas um disco antigo regular). - Não tenho certeza sobre o RAID de software do Windows, mas alguém deve vir logo, que pode falar com alguma autoridade sobre isso). Eu não perderia seu tempo e esforço com o software RAID 5 (parece que você não está planejando de qualquer maneira:).
Também clichê padrão - como joeqwerty mencionou, você ainda precisa de um backup - RAID é uma redundância que protege você se uma de suas unidades morre, mas não faz nada para salvá-lo se ambas as unidades estão danificados ou você acidentalmente apaga um arquivo que você precisava.