Você está perguntando se o próprio magnetismo causará um problema - não. Não deve haver nada na proximidade imediata do porto que seja sensível o suficiente para ser danificado. Dado o metal relativamente fino envolvido e o fato de que ele estará carregando corrente quando conectado, as propriedades magnéticas devem se dissipar.
Se você está perguntando - é possível que o cabo magnetizado capte pedaços de lixo magnético e possivelmente resulte em enfiar coisas em suas portas e possivelmente criar um problema - então sim, isso é possível. Digamos que seu cabo magnetizado esteja em sua mesa e um grampo gasto seja sugado para dentro dele sem que você saiba e você o conecte em uma porta - pode não ser uma coisa feliz.
Por segurança, tente desmagnetizá-lo e mantê-lo limpo.