Sim, editar um arquivo MP3 e salvá-lo novamente em um formato com perdas reduzirá a qualidade.
Ao abrir o arquivo MP3, o editor primeiro o transforma em um fluxo de áudio não compactado. A edição, então, ocorre em dados brutos. Ele não causa uma perda na qualidade em si, mas salvar o arquivo novamente em um formato com perdas faz com que, com o procedimento de leitura-edição-gravação, você esteja efetivamente recompactando o arquivo.
Basicamente, não importa se você escolhe o formato de destino como o original ou diferente, desde que a compressão ocorra, você perderá algumas informações (comparado ao arquivo que você abriu para edição) .
Salvar em um formato com uma taxa de bits maior pode, no entanto, preservar a qualidade, conforme explicado aqui . Os valores exatos dependem não apenas dos parâmetros do formato de destino, mas também dos próprios dados de áudio e da transformação (edição) aplicada, por isso é difícil comparar os métodos.