TL; DR: você nunca deve remover um disco ou dispositivo de armazenamento enquanto um computador estiver inativo. O sistema operacional pode não ter deixado o sistema de arquivos em um estado limpo ou pode fazer suposições sobre ele quando for reiniciado. Se você tiver que fazer isso, ligue a máquina antes de reinserir o cartão SD.
Provavelmente, como o laptop estava em hibernação quando você removeu o cartão, ele manteve uma cópia da tabela do sistema de arquivos para a placa na memória. Colocar o cartão de volta no laptop e, em seguida, ligá-lo ao sistema operacional não tinha como saber que o conteúdo do cartão poderia ter mudado, então ele mostrou a última coisa que sabia.
Neste ponto, seu cartão pode ter contido a tabela de alocação de arquivos correta com a gravação recém-adicionada. Basta remover o cartão e reinseri-lo pode ter mostrado o arquivo.
Aqui é onde os problemas começam.
Se você optar por ejetar o cartão, o computador pode ter liberado sua versão da tabela de alocação de arquivos para o cartão. Resultado: arquivo foi removido. O mesmo se você reiniciou o laptop com o cartão inserido.
Você pode usar uma ferramenta como o photorec para localizar o arquivo, mas não ter nenhum registro do sistema de arquivos tornará isso quase impossível. Não é que seu sistema de arquivos esteja corrompido, é que a tabela de alocação foi atualizada com uma versão "conhecida" antes de ser ejetada e reinserida.