Você está adicionando a opção -i , que significa --interactive , para que pergunte se pode excluir cada arquivo e diretório . É a única razão pela qual "desce ao diretório '.emacs.d'?" aparece.
Então você também, esquece o -i ou continua pressionando Y .
BTW, sudo não é necessário:
(Optional) delete the .emacs.d/.git directory. You'll probably want to create your own git repo for .emacs.d
Excluir apenas implica:
rm -r .emacs.d/.git