Você deve usar um programa de monitoramento térmico para ver realmente qual é a temperatura dos componentes do sistema, em vez de apenas adivinhar. O fabricante da sua placa-mãe pode fornecer um, ou você pode usar algo como Open Hardware Monitor se estiver executando no Windows.
Se a sua CPU está muito quente, as chances são de você não remontar o dissipador de calor com segurança suficiente ou colocar muita pasta térmica - este último é um erro comum entre os construtores de sistemas mais novos. O Arctic Silver 5 tem um período de amaciamento, mas você não deve notar uma diferença de temperatura suficiente para causar esse tipo de comportamento, exceto possivelmente em situações extremas de overclocking (eu diria que no máximo 5 ° C)