Eu resolvi isso editando o campo de correspondência de janela no Gerenciador de configurações do CompizConfig. Não acho que esteja instalado por padrão, mas é fácil encontrá-lo no Centro de Software. Depois de ter o Gerenciador de configurações, vá para:
Gerenciamento de janelas > Escala > Comportamento > Escala do Windows
Esse campo aceita uma string que está de acordo com a sintaxe WindowMatching do Compiz. Você pode editá-lo para declarar quais janelas devem ser incluídas quando o plug-in de escala for ativado. Aqui está a string que eu usei para excluir janelas minimizadas:
(Toolbar | Utility | Dialog | Normal | Unknown) & !state=hidden