Ahh, apagar arquivos grandes no ext3 leva um tempo, já que ele tem que zerar muitos blocos indiretos (embora eu possa ter jurado os blocos de comando rm até que isso seja feito). Sim, você certamente deve atualizar para o ext4. Não deve ser assustador quando você tem um backup, e você faz tem um direito de backup? ;)
Não esqueça; raid não é para evitar a perda de dados, é para evitar o tempo de inatividade devido a falhas mecânicas.