O Shred funciona perfeitamente no ext3 - ele tem problemas com arquivos em sistemas de arquivos registrados, uma vez que eles são projetados para resistir à corrupção não intencional. Com um fragmento de partição, você também está excluindo os arquivos de diário, portanto, essa forma de recuperação não é um problema. Com um sistema moderno, um simples apagamento geralmente é suficiente para excluir irrecuperavelmente um disco rígido, e o fragmento vai um pouco além disso.
Eu iria com o shred, daria uma ferramenta de recuperação como testdisk um tiro para verificar se ele foi excluído corretamente (pelo menos no primeiro disco) e continue com o descarte das unidades. Contanto que você não mantenha o sistema de arquivos no lugar e limpe todo o disco, isso deve ser suficiente para garantir que seja quase impossível recuperar os dados da unidade.