"Windows Installer dialog pops up and informs me that it is installing/configuring the product"
Este é apenas o comportamento padrão do Windows Installer (que por padrão está presente no Windows e em execução no plano de fundo 'msiexec.exe'). Sempre que os arquivos originais instalados são modificados, ele é iniciado & reinstala os arquivos. Esse é um recurso útil presente para reduzir a intervenção dos usuários finais quando algo dá errado com as instalações.
A solução é pressionar "cancelar" sempre que o instalador for iniciado para reparar a instalação. Também no meu caso, apenas renomeio o instalador dos produtos presente em (C: \ Windows \ Installer) para que o msiexec.exe não modifique as configurações novamente (mas é tedioso e precisa de alguma pesquisa manual para o instalador).
Então eu sugiro que você vá com a sugestão de Molly ou deixe as duas pastas fora do lugar.