A clonagem será muito. muito mais rápido. Eu não posso dizer o quanto, isso dependerá da velocidade da sua configuração. No entanto, não deve demorar mais do que algumas horas.
Copiar tem que abrir um arquivo, lê-lo, escrevê-lo e fechá-lo. Os verificadores de vírus também examinarão todos os arquivos que você abrir. Outros ganchos baseados em sistema de arquivos poderiam atrasá-lo, como a indexação.
A clonagem simplesmente lê e grava bits. Nada diminuirá a velocidade, além do uso do disco.