Normalmente, você precisa encontrar um script para mesclar todas as camadas em uma única, como aquelas usadas para criar planilhas de sprite, por exemplo esse aqui .
O Gimp permite que você salve animações no formato GIF, mas imaginei se havia uma maneira de exportar as camadas de animação em um PNG, com todas as camadas justapostas ao lado (à direita) da anterior?
Eu não posso ajudar com gimp , mas o pacote ImageMagick tem muitas ferramentas de linha de comando para manipular imagens. Por exemplo, você pode dividir um file.gif animado em arquivos target.*.png separados com
convert -coalesce file.gif target.%04d.png
Você pode colocar todos eles juntos em um único out.png com
montage target.*.png out.png