Você não pode pressionar um botão e ter essa pasta de volta. Uma atualização do sistema ou uma reinstalação completa pode ajudar, mas talvez seja um pouco demais.
Você também pode instalar o Vim a partir das fontes e especificar o local padrão como destino. Normalmente eu não defendo esse tipo de método, mas você já mexeu com o seu sistema, então ...
A melhor solução, IMO, é simplesmente instalar outro Vim, em qualquer lugar, e esquecer completamente o padrão Vim. Ele sempre sugou de uma maneira ou de outra e a melhor solução absoluta para usar o Vim em um Mac ainda é a mesma que tem sido há algum tempo: instalar (manualmente ou com o Homebrew) MacVim que vem com um executável CLI.
E pare de mexer nesses arquivos padrão! Se você quiser personalizar / instalar coisas, faça isso em ~/.vim
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