Eu instalaria o sshd (openssh) no sistema Ubuntu (secure shell server) e usaria algo como o filezilla para transferir os arquivos com segurança através do scp, ou qualquer coisa que suporte o sftp ou o scp para transferi-los para o servidor. O FTP simples envia senhas em texto puro, algo definitivamente ruim para fazer.
Eu também consideraria instalar o sshd e modificá-lo para ouvir uma porta personalizada diferente de 22 para evitar varreduras de ataques automatizadas, e ter certeza de que você tem uma boa senha, além de instalar um pacote como o denyhosts para bloquear várias senhas incorretas (tenha cuidado para não se trancar, vá até o arquivo de configuração e coloque na lista de permissões o seu próprio ip se você precisar).