atualizar fevereiro de 2017 :
O nautilus agora tem uma opção de configuração para classificar os diretórios primeiro (acho que desde 3.14 ou mais), então eu recomendo usar isso em vez de alterar a ordem de classificação padrão. É literalmente o primeiro item nas preferências da GUI.
postagem inicial de maio de 2014
Eu vejo os mesmos problemas no Fedora 18 (usando as mesmas versões).
A primeira tentativa usando o dconf diretamente através da linha de comando não funciona para mim:
$ dconf write /org/gnome/nautilus/preferences/default-sort-order type
error: 0-4:unknown keyword
Agora gsettings para o resgate:
$ gsettings set org.gnome.nautilus.preferences default-sort-order type
Não sei por que o dconf não aceita 'type' como um valor válido, mesmo que o editor dconf o relacione explicitamente no texto de ajuda, mas o gsettings funciona bem para mim.