Esta não é uma resposta, por si só, embora tenha uma solução mais fácil de recuperar.
Comecei a ter esse mesmo problema (acredito) com o 14.04. Parece que a janela ativa atual funciona bem, mas não fecha nem se move, e outras janelas não funcionarão com o mouse. O teclado funciona bem.
Se eu fechar a janela de trabalho e reabrir, ela não funcionará mais.
Nenhum indício de causa, mas minha solução rápida e não destrutiva é mudar para um VT e vice-versa: Por exemplo, Alt + Ctrl + F5 , quando você receber o prompt de login, simplesmente pressione Alt + F7 para voltar para a GUI, e tudo voltará ao normal, com todas as janelas ainda abertas.
Deixe-me saber se isso funciona para você (ou qualquer outra pessoa lendo isso).