Assumindo que sua pasta oculta está na unidade C: e o nome é "hiddenFolder":
dir /b /s /aHD "c:\hiddenFolder"
Pode demorar um pouco, mas eventualmente ele irá encontrá-lo. Você pode pressionar <Ctrl-C>
para abortar assim que a pasta for encontrada.
Depois de encontrar a pasta, você pode digitar no prompt de comando este comando para remover o atributo "Oculto":
attrib -H <full-path-to-folder>