Você não está se aproximando desse problema do lado errado? Quero dizer, a clonagem é conveniente, mas geralmente é uma regra que quando você clona, quer que o hardware seja exatamente idêntico , você pode não querer clonar um sistema operacional instalado no Model X direto no Model Y por várias razões.
Você mencionou que você tem "dependências" instaladas em sua máquina, eu estou supondo que você esteja falando sobre dependências de pacotes em geral no Debian / Ubuntu, mas com certeza há alguma maneira de verificar quais dependências são necessárias para pacotes importantes que você já tem.
Como apt-get
suporta vários argumentos, quando você descobrir quais pacotes precisa, basta fazer isso no novo computador:
sudo apt-get package1 package2 package3
etc.
Você tem algum exemplo de que tipo de material deseja fazer backup? Não é fácil ajudá-lo com tão pouca informação.