Você precisa instalar os cabeçalhos do Linux. É mais conveniente instalar um desses três pacotes:
sudo apt-get install linux-headers-486
sudo apt-get install linux-headers-686-pae
sudo apt-get install linux-headers-amd64
Qual é o adequado para a sua máquina não está especificado no seu OP, você pode experimentá-los até encontrar aquele para o qual não há mensagens de erro. Você pode, no entanto, ter uma idéia da saída desse comando, que no meu caso é:
> uname -a
Linux dPor 3.2.0-4-686-pae #1 SMP Debian 3.2.53-2 i686 GNU/Linux
A arquitetura do meu sistema é obviamente 686-pae, que requer linux-headers-686-pae . Da mesma forma para você.
E, para ter mais certeza, após esse problema, o comando
sudo apt-get install build-essential
que carregará outros pacotes absolutamente necessários para compilar os arquivos de origem.