Apenas por minha sanidade mental e redundância adicionada, recebo um segundo SSD (já que você parece estar executando algumas coisas críticas aqui).
Coloque os dois HDDs nas portas de 3 GB e instale o sistema operacional lá - RAID 1. Use isso para backups automatizados fora do horário de pico. O desempenho não será um grande negócio para o processo se tudo acontecer nos bastidores automaticamente.
Coloque os dois SSDs nas portas de 6 GB e faça com que sua partição de dados - RAID 1. Use isso para o repositório de código, onde suas compilações / commits / etc podem resultar em muito tempo de espera ativo. Você quer que isso seja o mais rápido possível.
Quanto ao armazenamento de rede - isso dependerá do uso. Se você precisar de mais velocidade para o repo, lance o armazenamento de rede para o array HDD. Se o armazenamento de rede precisar de mais velocidade e o repo estiver sendo usado com pouca frequência, ele poderá compartilhar o array SSD.
Além disso, dependendo da quantidade de uso, você pode definir a configuração do Carbonite para o que eu acho intitulado "Usar menos recursos de rede", o que limitará a largura de banda que consome - economizando o que realmente precisa nessa caixa.