A coisa realmente complicada aqui é que o sistema é tão antigo que o mundo passou a maior parte da tecnologia em uso neste sistema. Seus discos rígidos atuais são pata - a maioria dos sistemas modernos são SATA. Você pode ser capaz de adicionar uma placa controladora sata - uma pci, e pci-e é o padrão comum atual e usar raid para melhor desempenho ou simplesmente usar o adaptador sata integrado. Esta é a mudança mais importante, relacionada à confiabilidade, que você deve fazer, uma vez que as unidades morrem.
E sim, isso suporta o PCI da velha escola, não o PCIe (que o 470 parece suportar), então qualquer addon precisa ser para isso.
Mesmo com este cartão, um SSD seria um exagero, mas se você puder inicializar, você tem um disco rígido moderno, fácil de manter e prontamente disponível, em vez da peça de museu que está dentro agora. Este é o único componente moderno que você pode usar. Felizmente, esta é a parte mais provável de falhar e ser uma dor na parte traseira. Se você acabar recebendo uma carta 'melhor', você pode querer fazer raid 0 para um melhor desempenho
Eu tentaria canibalizar alguns sistemas para maximizar o RAM, se possível - o RAM é DDR, e estamos prestes a passar de DDR3 para 4
Quanto ao sistema operacional? Eu tentaria ir com o debian (que é bem pequeno). Se você precisa do X e do Ubuntu, escolha uma das versões mais leves, como o xubuntu ou lubuntu, e a versão LTS. Oses desatualizados são riscos de segurança e uma dor para manter.
É claro que os detalhes dependem das suas necessidades e orçamento. Você provavelmente poderia comprar o ram por exemplo, e ficar louco com o cartão sata.