Copiar tudo para um arquivo intermediário primeiro evitará qualquer problema que possa ser causado pelo disco rígido, pela CPU ou pela unidade de leitura de CD que não consiga acompanhar a unidade de gravação. No entanto, isso realmente não deve ser um problema com o hardware moderno, a menos que você esteja copiando discos em um sistema altamente taxado. Isso foi muito mais um problema no final dos anos 90 com CPUs sub-1GHz, discos mais lentos e sistemas operacionais mais ruins (Win9x).
A leitura de um disco é a mesma para o drive e sistema operacional, quer o sistema esteja fazendo isso para gravar os dados no disco rígido ou enviar os dados para outro gravador de discos. Então, qualquer "perda de qualidade" seria a mesma, não importa o que você faça. Se você tiver um arranhão no CD de origem, os setores de dados poderão retornar erros quando lidos e os setores de áudio poderão retornar dados de áudio não confiáveis.
O arquivo de imagem no disco deve ser um pouco para copiar o que está no disco. Para dados, isso pode ser garantido para o caso, já que os setores do disco óptico são somados. Para áudio, acredito que pode depender da unidade se ele retornará esse tipo de informação. É possível, dependendo da unidade, obter uma cópia do áudio que não corresponda ao que está no disco. No entanto, isso está relacionado à condição do disco e ao gravador de CD de origem, e não ao local onde os dados de destino estão indo de alguma forma.
Se você estiver fazendo gravações de áudio sérias de CDs de áudio ou faixas de áudio de redbook, eu verificaria o Exact Audio Copy - ele foi projetado para um processamento de áudio preciso. Há uma série de programas linux projetados para isso também que eu convido outros mais bem informados para falar.