Eu recomendo usar a imagex, a ferramenta de imagem gratuita da Microsoft, que captura todos os arquivos, e você pode montar a imagem mais tarde e fazer alterações, se necessário.
Do WinPE:
imagex /capture d: d:\imaging\data.wim "Drive D" /verify
Então, para montar:
imagex /mount d:\imaging\data.wim 2 c:\mounted_images
veja abaixo mais informações e exemplos: